確認していた件、多分これかなーと思っていたんですが、光栄さんから回答があって解決しました。
以下、引用いたします。
セーブデータフォルダに作成されるキャラクターは１キャラクター分となっております。そのため、別キャラクターにてプレイされる場合はセーブデータフォルダにあるセーブデータ・ファイルについて別のフォルダにバックアップを保存を行ったうえで、お楽しみいただきますようお願い申し上げます。セーブデータ、設定データはいかに保存されております。ドキュメントフォルダC:\Users\【PCのユーザー名】\Documents\KOEI\35th\大航海時代 IIお手数ではございますがご確認のほどよろしくお願い申し上げます。これからも弊社製品をよろしくお願いいたします。
ということなので、上記フォルダの
セーブ(ディスク#4).DAT
設定.DAT
というファイルをバックアップしておけば、新たにユーザーディスクを作っても後から元のキャラを遊ぶことが出来るようです。安心！
取り急ぎ、以上です。
